ประวัติความเป็นมา
คณะแพทยศาสตร์ ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2551 ในนาม “สำนักวิชาแพทยศาสตร์” สังกัด มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ภายใต้การบริหารของ ดร.วีระชัย ณ นคร เป็นผู้อำนวยการมหาวิทยาลัย นเรศวร พะเยา ผู้บริหารคนแรกของสำนักวิชาแพทยศาสตร์ คือ นายแพทย์วิชัย เทียนถาวร ดำรงตำแหน่ง หัวหน้าสำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้รับโอนนิสิตหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ ชั้นปีที่2 จำนวน 93 คน และนิสิตหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ ชั้นปีที่ 1 จำนวน 150 คน จากสำนักวิชาสหเวชศาสตร์ รวมมีนิสิตในสังกัด จำนวน 243 คน มีบุคลากรสายวิชาการ จำนวน 10 คน และบุคลากรสายสนับสนุน จำนวน 3 คน รวมบุคลากรทั้งสิ้น จำนวน 13 คน โดยตั้งเป้าหมายพัฒนาหลักสูตรด้านแพทยศาสตร์ให้ได้มาตรฐานเทียบเท่าคณะแพทยศาสตร์ศิริราช ด้านสาธารณสุขศาสตร์ให้ได้มาตรฐานเทียบเท่าคณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล และได้แต่งตั้งคณะแพทยศาสตร์ศิริราชเป็นสถาบันพี่เลี้ยงการผลิตแพทย์
สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “คณะแพทยศาสตร์” โดยมีนายแพทย์วิชัย เทียนถาวร เป็นคณบดีคณะแพทยศาสตร์คนแรก คณะแพทยศาสตร์ได้มีการพัฒนาและปรับปรุงหลักสูตรเดิมให้มีความทันสมัย สอดคล้องกับความ ต้องการของตลาดแรงงาน และสร้างหลักสูตรใหม่เพื่อรองรับการผลิตบุคลากรด้านสาธารณสุขให้ครอบคลุมทุกสาขาวิชาชีพ และเมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน 2553 คณะกรรมการแพทยสภา ในการประชุมครั้งที่ 11/2553 มีมติรับรองหลักสูตรแพทยศาสตร์ของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา เป็นโรงเรียนแพทย์แห่งที่ 19 ของประเทศไทย
วันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2558 ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยพะเยา ในคราวประชุม ครั้งที่ 3/2558 ได้จัดตั้งศูนย์การแพทย์และโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยพะเยา เพื่อพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานและขีดความสามารถของมหาวิทยาลัย ให้สามารถรองรับการจัดการเรียนการสอนนิสิตสาขาวิชาแพทย์ศาสตร์ และกลุ่มมสาขาวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพทุกสาขาวิชา อีกทั้ง เป็นแหล่งวิจัยและสร้างองค์ความรู้ทางด้านการแพทย์และสาธารณสุข ตลอดจนธำรงรักษาอาจารย์แพทย์ผู้เชี่ยวชาญในสาขาต่างๆ ให้คงอยู่ในมหาวิทยาลัย และในเขตพื้นที่ให้บริการ เพื่อประโยชน์ด้านการจัดการเรียนการสอนและการวิจัย
วันที่ 31 ตุลาคม พ.ศ.2563 สภามหาวิทยาลัยพะเยา ได้อนุมัติให้ ศูนย์การแพทย์และโรงพยาบาลพะเยา เป็นหน่วยงานที่อยู่ภายใต้คณะแพทยศาสตร์ และอนุมัติเปลี่ยนชื่อ เป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยพะเยา" วันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ.2563 เป็นต้นไป
และวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2564 สภามหาวิทยาลัยพะเยา ได้มีมติให้ปรับปรุงโครงสร้างคณะแพทยศาสตร์ พร้อมทั้งจัดตั้งคณะสาธารณสุขศาสตร์แยกออกจากคณะแพทยศาสตร์ ปัจจุบัน คณะแพทยศาสตร์ ได้มีการจัดการเรียนการสอน 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาปฏิบัติการฉุกเฉินการแพทย์