เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน 2553 คณะกรรมการแพทยสภา มีมติรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต ของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา และเป็นโรงเรียนแพทย์แห่งที่ 19 ของประเทศไทย คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา ได้เปิดหลักสูตร และจัดการเรียนการสอนเพื่อผลิตบัณฑิตด้านการแพทย์และสาธารณสุข โดยมีหลักสูตรดังนี้
1. หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต
2. หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ (กลุ่มวิชาอนามัยชุมชน และกลุ่มวิชาอนามัยสิ่งแวดล้อม)
3. หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิขาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย
4. หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาปฏิบัติการเวชกิจฉุกเฉิน
5. หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการส่งเสริมสุขภาพ
6. หลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต
7. หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต
8. หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต
เมื่อวันที่ 31 ตุลาคม 2563 ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยพะเยา ครั้งที่ 7/2563 มีมติมอบให้คณะแพทยศาสตร์ ดำเนินการจัดทำโครงสร้างของคณะแพทยศาสตร์ โดยให้แยกหลักสูตรสาขาสาธารณสุขศาสตร์ออกจากหลักสูตรคณะแพทยศาสตร์
เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2564 สภามหาวิทยาลัยพะเยาพิจารณาขออนุมัติให้แยกสำนักงานสาธารณสุขศาสตร์ ออกจากคณะแพทยศาสตร์ และจัดตั้งเป็น คณะสาธารณสุขศาสตร์